本所課程之規劃秉承立所宗旨和目標，一方面培養同學在國際事務領域的專業訓練，另外一方面強化同學對實務政策的瞭解。因此在課程安排上設定了三大必修研習課程，分別是「國際關係理論」、「社會科學方法論」、「策略規劃與問題解決」，同時兼具理論與實證的探討。其目的是將本所定位為具有應用能力之跨領域學術研究單位，以因應全球化時代下多元知識管理之知能。因此，在課程與研究設計上，在研究所一年級時強調基礎課程（如方法論與理論），在研二時則加強其實務個案之研究設計，以增進碩士知能之培養，以達科際整合之目的。