本所研究方向是認知取向的當代語言學，試圖利用台灣及中國境內豐富的語料，以認知的角度來研究人類語言在語音、語法、語意及語用等方面的特性，而重點放在語言與人類認知系統的關係及語言使用的心理歷程。同時發展計算 語言學及語料庫語言學，借用最新的資訊科技來收集、整理及分析語言資料。

博士班除了語言學實證方法及田野調查為必修課程外，須從以音韻學與構詞學領域、句法學領域、語意學與語用學領域、計算與語料庫語言學領域、語言與認知領域等五個領域中選擇主修及副修領域。碩士班以語音學、音韻學、語法學、語意學等為基礎課程。研究生於修業年限內須修滿三十四學分，其中包括必修課程十三學分，選修課程二十一學分。本所博士班及碩士班的所有必修課均以英語授課。

二十一世紀的認知科學不能沒有語言學，而二十一世紀的語言學在理論方面也 必然無法與其他認知科學分離，特別是心理學、腦神經學及心靈哲學，在應用方面也必然與資訊科學息息相關。本所和本校的心理系、哲學系、及資訊系已 構成國內一個最活躍、有潛力的認知科學研究群。